Сюжет

Действие игры разворачивается двадцать пять лет спустя после завершения событий первой части. Из-за убийства недавно избранного президента Коалиции защиты колоний произошёл разрыв мирных отношений между Объединённой Федерацией Земли, Эон (Просвещёнными) и Нацией Кибран.
Первая кампания, посвящённая ОФЗ (Объединённой Федерации Земли) ведётся от лица офицера Доминика Мэддокса, женатого на Просвящённой. Он сражается с Кибранами, пока его руководство не объявляет всех Просвещённых террористами, поручив ему миссию очистить от них его родной город. Мэддокс восстаёт против своего начальства, и отстраняет своего командира от власти. После этого он находит портал на планету Серафим VII, открывая доступ ко второй кампании.
Вторая кампания посвящена Эон, и командиру Талии Каэл, желающей восстановить былое величие Просвещённых.
Третья кампания, посвящённая Кибранам, ведётся от лица Ивана Бракмана — экспериментального генетического соединния (клона) доктора Бракмана и элитного командира Достья, и старого знакомого Мэддокса, который сражается под руководством доктора.
Заключительная битва происходит на поверхности древнего экспериментального терраформера Шива Прайм. После сражения Иван уничтожает терраформер, несмотря на протесты своего создателя.
Демо-версия

24 февраля 2010 года демо-версия игры Supreme Commander 2 была выложена на сервису цифровой дистрибуции Steam. Демо состоялo из 2 уровней обучения и 2 уровней игровой компании за фракцию Объединённой Федерации Земли, но не имело skirmish-режима и мультиплеера
Игровой процесс

В скирмише и мультиплеере игрок начинает сражение со своим БКЦ (Боевым Командным Центром), являющимся большим, сильным юнитом, который теперь (всегда мог и всегда был самым сильным, но с малым радиусом, и самым лучшим строительным юнитом) может самостоятельно строить здания и сражаться с противником. Для добычи материи и энергии используются специальные здания. Очки исследования могут быть потрачены на получение различных бонусов, влияющих на боевые и экспериментальные юниты, а также на здания.