2183 год.

Капитан Шепард, приписанный к экспериментальному кораблю SR1 Normandy, подчиняющегося Альянсу Систем, отправляется на задание, целью которого является доставить артефакт древней цивилизации Протеан, найденный археологами на одной из человеческих колоний Иден Прайм, на одну из центральных планет альянса. Во время выполнения задания, область археологических раскопок подвергается атаке гетов — расы разумных роботов — которые также пытаются захватить артефакт. При контакте с артефактом, Шепард видит некие видения апокалиптического характера. В ходе дальнейших путешествий Шепард понимает, что видения являются последними событиями в истории древней расы. На своем пути он встречает представителей инопланетных рас, которые впоследствии присоединяются к его команде.

Шепард получает задание нейтрализовать турианца Сарена, бывшего Спектра — члена элитного подразделения, призванного защищать Галактический Совет любыми методами. Сарену каким-то образом удалось заключить союз с гетами. С их помощью он желает ускорить возвращение древней кибернетической расы, Пожинателей (Reapers), которая, согласно легендам, должна уничтожить всю разумную жизнь в галактике.